Outre les relations individuelles, l'UNESCO favorise également la coopération collective des ONG au travers de différents mécanismes :

• La Conférence internationale des ONG qui rassemble tous les trois ans l'ensemble des ONG entretenant des relations officielles avec l'UNESCO.

• Les consultations collectives thématiques, organisées régulièrement pour les besoins de la mise en œuvre des différents programmes de l'UNESCO, quelques fois en marge des grandes conférences internationales tenues sous son égide.

• Les consultations régionales, réunies à intervalles réguliers dans les différentes régions en vue d'examiner l'état de la coopération des ONG avec l'UNESCO, de conduire des consultations sur les programmes de l'Organisation et les priorités régionales et de favoriser la constitution de réseaux régionaux de coopération.

Un Comité de liaison ONG-UNESCO, élu par la Conférence des ONG, assure de façon permanente la coordination et la continuité de cette coopération collective depuis le Siège de l'Organisation, à Paris.